Unutrašnja kontrola VOA vrši kontrolu zakonitosti rada i primene ovlašćenja njenih pripadnika.
Unutrašnja kontrola se vrši radi redovnog praćenja stanja zakonitosti u radu i primeni ovlašćenja pripadnika VOA, pripremanju akata i naloga, oceni zakonitosti sprovođenja propisanih procedura i postupaka iz delokruga rada i rešavanja po podnetim predlozima i predstavkama, kao i pritužbama o ugrožavanju ljudskih prava i sloboda u slučajevima nezakonitog postupanja.